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六年五月,穆宗崩。六月乙卯朔,日有食之。甲子,即皇帝位。以明年为万历元年,诏赦天下。祀建文朝尽节诸臣于乡,有苗裔者恤录。庚午,罢高拱。丁丑,高仪卒。壬午,礼部尚书吕调阳兼文渊阁大学士,预机务。
秋七月壬辰,大渐,召英国公张惟贤,大学士方从哲,尚书周嘉谟、李汝华、黄嘉善、张问达、黄克缵,侍郎孙如游于弘德殿,勉诸臣勤职。丙申,崩,年五十有八。遗诏罢一切榷税并新增织造诸项。九月甲申,上尊谥,庙号神宗,葬定陵。